Este plano de Benavides, de 1830, es el único que se conserva. El profesor Marcial Castro, de la Universidad de Granada, localizó la ubicación de la capilla bajo la calle Constitución en 2005. Lo consiguió con la recopilación de planos y dibujos antiguos del convento que le remitió la profesora de la UVA Fernández del Hoyo, y las descripciones antiguas que se conservan de la capilla. Sobrepuso un plano actual de la ciudad y el plano de Benavides.
La excavación arqueológica en mayo de 2020 ha permitido documentar la capilla y su uso funerario. Estos trabajos, dirigidos por el arquitecto Óscar Burón, y los arqueólogos Jesús Misiego y Olatz Villanueva, han permitido recuperar una parte muy importante de la historia de Valladolid. Las excavaciones han dejado al descubierto dos muros laterales de la capilla de las Maravillas, dos ataúdes y en total diecisiete esqueletos. Además se han recogido numerosos restos de cerámica.
Las labores de excavación han finalizado después de dos semanas y media. Ahora el trabajo se traslada al laboratorio. Se realizará un estudio antropológico de los restos óseos y se tratará de datar los hallazgos.
La capilla de las Maravillas recibió diferentes nombres a lo largo del tiempo. Se ha conocido como capilla de San Antonio, Concepción, Comulgatorio y Relicario. Se encontraba entre la sacristía nueva, la capilla mayor y el claustro. Tenía puerta de acceso directa desde el claustro. al principio era de planta cuadrada y estaba cubierta de madera.
El Convento concedió el Patronazgo de la capilla a mediados del siglo XV a Luis de la Cerda, Señor de Villoria, fallecido en 1469, que fue Alcalde Mayor de Toledo y Consejero del rey Juan II. Su nieta se casó con el tercer Conde de Cabra -Diego Fernández de Córdoba-. De ahí que se conociera también como capilla de los Cerda y del conde de Cabra.
En 1506 cuando falleció en Valladolid Cristóbal Colón la viuda de Luis de la Cerda, Francisca Castañeda, autorizó el enterramiento del Almirante en su capilla. En 1509, por orden de Fernando el Católico, los restos de Colón fueron trasladados a Sevilla.
En 1602 recibió sepultura el príncipe de Donegal, irlandés que lideró la rebelión contra Inglaterra. Vino hacia Valladolid para pedir ayuda a Felipe III para su causa. Murió de fiebres en el castillo de Simancas, el 10 de septiembre. O´Donnell fue homenajeado en un entierro con cortejo real desde Palacio hasta el convento de San Francisco.
Artículo en en Norte de Castilla sobre diez curiosidades sobre el irlandés pelirrojo:
https://www.elnortedecastilla.es/valladolid/10-cosas-20200603103717-nt.html
Hasta 1617 se conocía como capilla de San Antonio, pues en su altar bajo un dosel, se custodiaba la imagen del santo.
Cuando en 1617 se colocó la primera Inmaculada de Gregorio Fernández en esta capilla el patronazgo había revertido al convento. El monasterio cedió su uso a la Co fradía de la Concepción. La famosa escultura solo estuvo aquí cinco años, hasta 1522. Hoy no se conoce su paradero. Pero varias imágenes y cuadros que siguieron su modelo ayudan a imaginar como fue. En el inventario de 1809 se describe la talla: "...El trono de la Purísima Concepción, con su imagen la tiene su corona de bronce, con sus arcos con rayos de plata, algunos sobredorados y en los arcos varias piedras embutidas. Tras dicho trono hay una especie de camarín..."
Esta foto reproduce la Inmaculada Concepción del Convento de Santa Teresa de Gregorio Fernández. Sigue el modelo iconográfico de la desaparecida del Convento de San Francisco.
En 1618 la cofradía decide encargar un retablo para albergar la imagen. Se conserva la escritura de 1619 con el pintor Tomás de Prado para dorarlo por valor de 2.400 reales.
En 1622 la comunidad encargó un nuevo retablo para su capilla mayor y trasladó a la caja central la Inmaculada de Gregorio Fernández. En su lugar, en la capilla de los condes de Cabra, instaló otra Inmaculada, obra de Francisco Rincón.
A partir de 1647 se denominó Capilla de las Maravillas. María Seco, mujer de Alonso Sánchez, colocó allí una imagen de Nuestra Señora de las Maravillas.
En 1683 se reconstruyó la capilla en plano octogonal con cubierta de cimborrio y linterna. Se ensamblaron tres retablos barrocos. En el central se colocó la Concepción de Francisco Rincón. En los colaterales a San Francisco y Santa Clara.
En el siglo XVIII los franciscanos cedieron la capilla a Lope de Quevedo, en reconocimiento de muchos favores.
En 1836 el convento de San Francisco salió a pública subasta en el contexto del proceso desamortizador. Se tasaba en cuatro millones y medio de reales. La subasta quedó desierta. En febrero de 1837 comenzó la demolición del convento. En 1847 el industrial Pedro Ochotorena compró al Ayuntamiento todos los terrenos. Se abrieron dos nuevas calles: la de Constitución y la de Mendizábal (hoy Menéndez Pelayo). En los solares se construyeron tanto viviendas como edificios singulares: Teatro Zorrilla, Círculo de Recreo, Casa de Ortiz Vega y el edificio de la Unión y el Fénix.
A finales de abril de 1900, cuando comenzaron las obras de desmonte para la cimentación del nuevo Círculo de Recreo, en las calles Duque de la Victoria y Constitución, El Norte de Castilla daba la noticia de que los obreros habían hallado un ataúd con un esqueleto enterrado «en circunstancias excepcionales». «¿Qué razón había para atar las piernas al cadáver?», se preguntaba el periódico. La respuesta llegó poco después: se trataría del «valiente Hugh O'Donnell, el 'Rojo'», uno de los dos últimos reyes o jefes de Irlanda. Nada más, sin embargo, se volvió a saber de ello.
