La historia de la Colegiata empieza con la concesión del señorío de la villa por parte de Alfonso VI al conde Pedro Ansúrez en 1074. Éste decide fundar Santa María como cabeza religiosa de su feudo. Ya en 1088 aparece en un documento que señala a don Saltus como abad. Se supone que hacia el año 1.100 ya se había levantado un edificio románico a la que se adosó una estrecha torre que servía por su parte baja de pórtico de acceso al templo. Los restos se asemejan a la torres de La Antigua, San Esteban de Segovia y el Salvador de Simancas. Se especula sobre si el templo sería una notable construcción de tres naves al estilo de Frómista o San Isidoro de León. Más bien parece que pudiera ser una típica iglesia de una nave como la de El Salvador de Sepúlveda, también contemporánea. De la primitiva fábrica románica sólo nos queda parte de la torre.


Por el característico ajedrezado jaqués y los mal conservados capiteles se puede fechar en el siglo XII. Durante este siglo tuvieron lugar tres concilios nacionales en la Colegiata: en 1124, 1143 y 1155; lo que demuestra su importancia. La torre disponía de tres cuerpos, hoy solo quedan dos, Se remataba con una cubierta piramidal. En el siglo XIV perdió su función de torre-pórtico al construirse delante de ella la capilla funeraria de San Juan y San Blas.
El Abad Juan Díaz de Medina decide en primer tercio del siglo XIII, reinado de Fernando III, levantar sobre el edificio románico una nueva construcción gótica. Se celebraron en la colegiata durante este siglo varios enlaces y funerales de miembros de la familia real.
Lo que hoy podemos observar desde la Plaza de la Universidad nos muestra sus tres naves separadas por pilares cruciformes y una cabecera de tres ábsides semicirculares.
Desde la calle Cabañuelas -hoy Arzobispo Gandásegui- se aprecia la portada norte con sencilla decoración cisterciense del siglo XIII. Era el segundo acceso al templo. Daba entrada a la nave del Evangelio.
En el Museo diocesano se conserva la portada sur del siglo XIII, que daba al claustro. Por influencia de los monasterios cistercienses y premostratenses que se construyen en España las portadas de esta época pierden el trazado semicircular convirtiéndose en apuntadas La decoración geométrica de las arquivoltas se basa en el zigzag y puntas de clavo o diamante. Los capiteles son historiados, se representan animales, la mayoría aves.
Al templo se fueron añadiendo capillas funerarias que actualmente forman parte del Museo diocesano. La iglesia disponía de ocho capillas de particulares. Podemos hacer un recorrido imaginario empezando por la de San Llorente.
La capilla de San Llorente, de planta rectangular, se divide en dos tramos cubiertos con bóvedas de yesería mudéjares. Están decoradas con motivos heráldicos, lacerías y piñas con mocárabes. fue un encargo de Pedro Fernández, hijo de los fundadores de la capilla, a principios del siglo XV. Se accedía a ella directamente por el claustro.
Entre la capilla de San Llorente y la torre románica se sitúa la capilla de Santo Tomás. Se reconstruyó en el siglo XIV a costa del alcalde del rey García Pérez de Valladolid. Su recinto se dividió en dos en el siglo XVI. El segundo espacio se cedió Francisco Zeballos -que procedía de la ciudad La Plata- y se dedicó a Santo Toribio. En 1646 se cambió de nuevo su advocación a Santa María del Pópulo. En el siglo XVIII se dedicó a sacristía.
Esta capilla funeraria se usó después como Archivo de la Catedral. Se empezó a construir en 1331. Tiene planta rectangular con nueve arcosolios y cuatro puertas en sus muros.
La capilla dedicada a San Blas y San Juan Evangelista se construyó entre 1333 y 1337. Tiene planta casi cuadrada, cubierta con bóveda de crucería, cuyos nervios apoyan en los ángulos sobre capiteles policromados. En su muro oeste se abren tres nichos funerarios.
El piso bajo de la torre se usa para los fondos de orfebrería del museo. Destaca la custodia de Juan de Arfe.
La capilla de Santa Inés fue construida antes de 1333. De planta rectangular, se cubre con un artesonado mudéjar. Es una de las capillas que mejor conserva su original ambiente funerario, con siete arcosolios abiertos en sus muros. En ella se encuentra un Ecce-Homo de Francisco Alonso de los Ríos.


En la capilla de Santa Bárbara se reunía el Concejo de la Villa. Por deseo del conde Ansúrez la colegiata tenía un espacio o sala donde se celebraban las reuniones del Ayuntamiento en las que debía estar presente la representación clerical de dos canónigos que además tenían voto. Esta costumbre perduró hasta el año 1600. Esta capilla se puede ver desde el exterior junto a la portada norte o de las Cabañuelas. Cuenta con una interesante pintura mural gótica en el interior de un arco cegado en su muro oriental. Aunque su estado de conservación impide una visión completa del conjunto, aún se pueden distinguir cuatro escenas relativas a la vida de Santa Bárbara, con el episodio de la elevación de su alma a los cielos en el remate.
La capilla de Santa Isabel está al otro lado de la portada norte. Fue fundada por Pedro Pérez Perón a mediados del siglo XII. Del muro que está pegado al pórtico norte se conservan dos ventanales ajimezados con cuadrifolias y rosetón entre ellas.
La capilla de Santiago se localizaba junto a la sacristía, enfrente de la escalera para subir al púlpito. Era patronato del notario mayor de Castilla y privado Alfonso XI Fernando Sánchez de Valladolid Thovar. Después pasó a la familia Menchaca. Cumplíó también la función de capilla parroquial.
En el siglo XVI Gil de Hontañón colocó la sillería del coro de canónigos en la nave central. Se cerró con una reja del ensamblador Gaspar de Umaña. Se trataba de una espléndida sillería gótica del siglo XV. Algunos paneles tallados se convirtieron en batientes de puertas. Se conserva uno en el Museo catedralicio. La silla abacial se trasladó al palacio arzobispal. También se instaló un órgano fabricado en 1555 por el maestro Eloy de Burgos.
No se ha conservado el claustro gótico, comenzado en 1318 pero que no se remató hasta 1387. El aspecto de la claustro sería semejante al de las Huelgas de Burgos. Desapareció en 1634. Antolínez de Burgos todavía pudo contemplarlo a principios del XVII escribiendo elogios sobre él. Solo se ha conservado el ángulo noroeste cubierto con bóveda de crucería.
Tampoco ha quedado nada del pórtico del siglo XV que se situaba junto al ábside en la Plaza de Santa María, hoy de la Universidad. El dibujo de abajo recrea el ábside y el pórtico vistos desde la Plaza de Santa María. Resguardaba la puerta gótica principal de acceso a la Colegiata que daba a la nave de la Epístola. Delante del pórtico se levantaba un pilar de piedra con funciones de Rollo jurisdiccional. sostenía la figura de un león pisoteando al moro Ulit. En la planta superior se hallaba la Librería -biblioteca- que sufrió un incendio en 1548. A sus balcones se asomaban los canónigos e invitados para presenciar las fiestas.
Del retablo que tuvo la colegiata no queda más que el recuerdo en las alabanzas que le rinde el viajero portugués del siglo XVII, Tomé Pinheiro da Veiga: "Retablo grande, todo de bronce, con figuras de gran proporción que es cosa extraordinaria."El derribo de la Colegiata comenzó en 1634 para dejar espacio a la nueva catedral, que nunca se acabó.
Plano actual de la catedral y restos de la colegiata. La vista de pájaro nos ofrece una imagen más real.
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